1. У меня еще не возникало пересечений. По-моему, пофиг в таком случае что делать. Можно файлы переименовывать, можно каталоги создавать. Я привык к работе с iTunes. Мне для доступа к музыке, хранящейся на компе не нужно помнить где оно лежит в недрах файловой системы, т.к. поиск я осуществляю по тегам. И очень доволен.

3. Не вижу как это конфликтует с идеей тегов.

4. Нет. Думаю, что скоро это будет NAS RAID, а пока это винт.