Я знаю только два варианта - LaTeX и HTML (вот тут я чайник, но мне не кажется, что HTML хорошо подойдет). Сам как раз много думал переписать всю документацию к нашему ПО из-под ворда в Тех именно что из-за возможности пользоваться нормальным контролем версий.

Вот какие мне видятся плюсы

а) По Теху есть куча литературы + тебе всегда будет у кого спросить.
б) Как раз требуемое выше хранение в текстовом виде и все проистекающие отсюда радости, в частности, контроль версий.

Минусы Теха традиционны :

1) Не слишком удобная работа с графикой.
2) Результат видишь только после компиляции. Это несколько компенсируется наличием оболочек, как свободных (Tecnic center), так и shareware (WinEdit).


Для тех, кто не хочет становиться TeXниками, я бы порекомендовал следующее

1) Выбрать какую-то одну версию теха, размножить ее несколько раз и _всем_ ставить тех только с нее.

2) Попросить кого-то дать\написать стилевой файл. Я думаю, что на первое время шаблон чьей-нибудь диссертации вполне покатит. Мой коллега как раз сделал такой - там было много полезных фич, в частности, переключение между ч\б и цветным вариантом сменой одного ключа (при условии, что соответствующие варианты картинок лежат где надо).

3) Пользоваться потихоньку.